El Reiki es originario de la India, y poco después esta técnica de sanación pasó al Tibet donde se hicieron algunas variaciones pero sin modificar en nada el concepto original. Por tanto se puede decir que su origen está en ambos países.
La fecha exacta en que surgió el Reiki no se conoce, pero si se sabe que pertenece a la cultura perteneciente al Sánscrito, que es una lengua muerta hoy en día. Cuando surgió el Reiki era muy accesible a todo el mundo, ya que no se cobraba nada por enseñarlo, ni por sus tratamientos. Su único y noble propósito en un principio era ayudar a la gente. Su enseñanza era completamente oral y no había documentos escritos sobre esta técnica de curación, por lo que con el tiempo llegó casi a desaparecer.
Pero en los últimos años del siglo XIX, se puede decir que comienza la época del Reiki Redescubierto. El resurgimiento se lo debemos a un sacerdote cristiano de la ciudad japonesa de Kyoto, Mikao Usui. Este sacerdote descubrió las técnicas de Reiki y debido a ello algunos vocablos del idioma japonés se incluyeron en esta técnica.
La historia cuenta que Usui estaba muy afligido por el sufrimiento que padecían las personas cuando enfermaban, y para poder ayudarlas buscó una técnica sencilla que las pudiera sanar con la imposición de las manos. Para encontrarla se retiró a una montaña sagrada llamada Koriyama con la intención de poder ayunar y meditar. Al cabo de 21 días una extraña bola de fuego se precipitó hacia él, pero en vez de asustarse, se enfrentó a ella. La bola de fuego impactó en él tirándolo al suelo y dejándolo inconsciente. Cuando se recuperó vio millones de esferas con todos los colores del arco iris. En ese momento concibió los símbolos Reiki y la forma de emplearlos para sanar a la gente.